本标准保留了大肠菌群指标，新增了铜绿假单胞菌指标，不再保留菌落总数、霉菌和酵母计数、金黄色葡萄球菌、沙门氏菌及志贺氏菌指标。
菌落总数、霉菌、酵母属于卫生指示菌，一般情况下不会影响公众健康，而过度控制卫生指示菌和杀菌可能导致饮用水中溴酸盐含量升高，构成健康风险。目前，国际食品法典委员会（CAC）、国际食品微生物标准委员会（ICMSF）、国际瓶装水协会（IBWA）、美国、澳大利亚和欧盟等相关标准法规中，未对包装饮用水设立卫生指示菌指标。我委正在组织起草《食品安全国家标准 包装饮用水生产卫生规范》，将通过生产加工过程控制，加强对卫生指示菌的监测和管理。因此，本标准不再保留上述指标。
依据饮用水检测结果和CAC、ICMSF及我国相关标准，本标准保留了大肠菌群指标，增加了条件致病菌——铜绿假单胞菌（又称绿脓杆菌）指标。由于国际上没有饮用水中金黄色葡萄球菌、沙门氏菌及志贺氏菌指标，且尚无充分科学依据，本标准不再保留。
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